1999년 개교한 제주과학고등학교는 제주 오라동에 위치하고 있습니다. 제주과학고등학교는 전교생이 총 72명이며, 1학년은 2학급, 2, 3학년은 한 개씩의 학급으로 구성되어 있습니다. 학생전원이 기숙사 생활을 하고 있는 이 학교에서는 제주도 최고의 개인별 소수정예 학습을 진행합니다. 학생들은 입학과 동시에 ‘탐색과정’을 통해 각 개인별 적성과 능력에 맞는 수업을 택하고, 진로 선택을 하고 있으며, 자신의 목표에 따라 학생개인별 속진과정과 심화과정의 수업을 받고 있습니다. 또한 제주과학고등학교는 제주도교육과학연구원, 탐라교육원 등 주변 교육기관의 인력과 시설을 연계하여 학생들이 이용할 수 있는 기자재의 범위를 넓혀 수업의 질을 향상시키고 있습니다. 이러한 결과로 2005년 제6회 한국과학창의력대회 금상 입상, 제14회 국제환경탐구 올림피아드 금메달 수상 등 각종 경시대회에서 우수한 결과를 나타내고 있습니다. 2006학년도 대학 모집에서는 한국과학기술원(KAIST) 8명, 연세대 5명, 포항공대 4명, 한국정보통신대(ICU) 1명이 진학하는 등 명실상부 ‘제주최고의 명문고’로 자리 잡고 있습니다.